Requisito essenziale per la sterilizzazione è la pulizia vera e propria dei dispositivi, che ha lo scopo di ridurre di oltre il 90% l’entità della contaminazione microbica e di rimuovere il materiale organico residuato dalla procedura precedente. La loro persistenza sui dispositivi può, infatti, ostacolare l’azione dell’agente sterilizzante e vanificare l’intero processo; se uno strumento non è pulito non si può, in alcun modo, ottenerne la sterilità



Viene eseguita prima :

La detersione manuale, eseguita con l´ausilio di strumenti quali detergenti, spazzole e scovolini, allo scopo di abbassare la quantità di residui solidi, vaselina, creme, colori, sangue, ed altri residui organici.
Il risciacquo con acqua corrente elimina meccanicamente i residui del materiale organico e tutte le tracce del detergente che potrebbero interagire con gli agenti sterilizzanti.

In seguito :



La detersione meccanica mediante ultrasuoni il cui scopo è quello di garantire una corretta pulizia delle superfici difficilmente raggiungibili con un lavaggio manuale. 
Gli ultrasuoni sono onde sonore a frequenze al di sopra del campo uditivo umano: esse si irradiano nel liquido contenuto nella vaschette generando alternativamente pressioni alte e basse nelle quali si formano e si espandono milioni di bollicine microscopiche che poi scoppiano attaccando ogni superficie e invadendo tutti i fori e le rientranze del dispositivo.