È l’operazione che precede la detersione e ha lo scopo di allontanare la maggior parte del materiale organico dalla superficie del dispositivo; viene effettuata immergendo i dispositivi in una soluzione che contiene agenti chimici (Es. Acido Peracetico ). 
Gli strumenti più complessi devono essere smontati o aperti, per quanto possibile, e le strutture cave devono essere accessibili internamente per assicurare l’efficacia della decontaminazione, al termine della quale i dispositivi dovranno essere risciacquati.
La procedura di decontaminazione deve essere effettuata in una apposita  vasca di disinfettante ad alto livello.